بررسی چندشکلی ژن TNF-alpha و تأثیر آن در اندازۀ دنبه و چربی در گوسفندان نژاد ماکویی، قزل و رومانوف

نوع مقاله : مقاله علمی- ترویجی

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی‌ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور، گروه مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه، آذربایجان غربی، ارومیه، ایران

2 دانشیار ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور، گروه مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه، آذربایجان غربی، ارومیه، ایران

چکیده

عامل نکروز تومور آلفا (TNF-alpha) یک سیتوکین پیش التهابی است که در تنظیم پاسخ ایمنی از جمله فعالیت ماکروفاژها و مرگ سلولی از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. تحقیق حاضر به‌ منظور بررسی وجود چند‌شکلی یا عدم وجود چند‌شکلی در گوسفندان نژاد قزل، ماکویی و رومانوف با استفاده از روش واکنش زنجیره‌ایی پلیمراز (PCR) و تفاوت فرم فضائی رشته‌های منفرد (SSCP) انجام گرفت. برای این منظور برای تعیین چندشکلی ژن TNF-alpha در جمعیت گوسفندان نژاد ماکویی، قزل و رومانوف، از تعداد 50 رأس از گوسفندان نژاد ماکویی، 50 رأس از گوسفندان نژاد قزل و 50 رأس از گوسفندان نژاد رومانوف خون‌گیری شد. برای استخراج DNA از روش بهینه یافته نمکی استفاده شد. کیفیت DNA با استفاده از ژل آگارز یک درصد و کمیّت آن با دستگاه اسپکتروفتومتری مورد بررسی قرار گرفت. از دستگاه ترموسایکلر به منظور تکثیر قطعهای از ژن TNF-alpha استفاده شد. واکنش زنجیره‌ای پلیمراز برای تکثیر قطعه 273 جفت بازی اگزون شماره 4 ژن TNF-alpha انجام گرفت. تعیین ژنوتیپ بر روی ژل پلی‌آکریل‌آمید 12‌ درصد صورت گرفت و نمونه‌ها در دستگاه ترموسایکلر قرار داده شد، در نهایت آن‌ها را در ژل پلی‌آکریل‌آمیدی که در دستگاه الکتروفورز عمودی جای گذاری گردیده، قرارگرفت. مرحله ظهور و رنگ آمیزی به وسیله محلول نیترات نقره انجام گرفت. تحلیل و بررسی الگوهای ژنی مشاهده شده در ژن TNF-alpha بر روی آکریل‌آمید نشان داد که الگوهای ایجاد شده در نژاد قزل، رومانوف و ماکویی تک شکل بوده، که نشان‌دهندۀ عدم وجود چندشکلی در این جایگاه می‌باشد.

کلیدواژه‌ها


بزازپریخانی، ا.، صادقی، م.، و مرادی شهربابک. ح. (1396). "ارتباط چندشکلی های اگزون 2 ژن فاکتور رونویسی 7 با صفات چربی خون و دنبه در گوسفندان لری بختیاری و زل." پژوهش‌های تولیدات دامی، 8(17)، 88-92.
بیابانی، پ.، هاشمی، ع.، خاکپور، ک.، پوربایرامیان، ف. و برومند، ج. (1391). "بررسی تنوع آللی ژن فاکتور نکروز تومور آلفا (TNF-alpha) در گوسفند نژاد ماکویی." پنجمین کنگره علوم دامی، شهریور (1391).
زارع، م.، صادقی، م.، و مرادی شهر بابک م. (1395). "شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی ژن PPP2CA و اثر آن بر صفات لاشه، رشد و ذخیره چربی در گوسفندان لری‌بختیاری و زل." تحقیقات تولیدات دامی، 5(4)، 70-78.‎
زمانی افشار، س.، هرکی نژاد، ط.، بهاری، ع.، و شهیر، م.ح. (1397). "بررسی چندشکلی ژن‌های‌ Wnt10a و Wnt10b در گوسفند آمیخته افشاری برولامرینو." تولیدات دامی، 20(2)، 213-224.‎
سیّد شریفی، ر.، بادبرین، ن.، بهمنی، ا.، و مجتهدین. ع. (1396). "بررسی چند شکلی ژن GDF9 در گوسفند قره گل و ارتباط آن با چند قلوزایی." فیزیولوژی و تکوین جانوری، 10، 23-29.
هدایتی‌فر، ر. (1396). "بررسی میزان ایزومرهای ترانس و درصد اسیدهای چرب در روغن‌های حیوانی و دنبه مصرفی در استان لرستان." مجله علمی پژوهشی یافته، 19(2)، 1-8.
Alvarez-Busto, J., Ruiz-Nuñez, A., Mazon, L.I., and Jugo, B.M. (2004). "Detection of polymorphisms in the tumour necrosis factor alpha candidate gene in sheep." European Journal of Immunogenetics, 31(4), 155-158.
Bakhtiarizadeh, M.R., and Alamouti, A.A. (2020). "RNA-Seq based genetic variant discovery provides new insights into controlling fat deposition in the tail of sheep." Scientific Reports, 10(1), 13525.
Chessa, B., Pereira, F., Arnaud, F., Amorim, A., Goyache, F., and et al. (2009). "Revealing the history of sheep domestication using retrovirus integrations." Science, 324(5926), 532-536.
Cheng, S., Fockler, C., Barnes, W.M., and Higuchi, R. (1994). "Effective amplification of long targets from cloned inserts and human genomic DNA." Proceedings of the National Academy of Sciences, 91(12), 5695-5699.
Goto, R.M., Afanassieff, M., Ha, J., Iglesias, G.M., Ewald, S.J., and et al. (2002). "Single-strand conformation polymorphism (SSCP) assays for major histocompatibility complex B genotyping in chickens." Poultry Science, 81(12), 1832-1841.
Kabeya, H., Ohashi, K., and Onuma, M. (2001). "Host immune responses in the course of bovine leukemia virus infection." Journal of Veterinary Medical Science, 63(7), 703-708.
do Prado Paim, T., dos Santos, C.A., de Faria, D.A., Paiva, S.R., and McManus, C. (2022). "Genomic selection signatures in Brazilian sheep breeds reared in a tropical environment." Livestock Science, 258, 104865.
Erlich, H.A. (1989). "PCR Technology." Stockton Press, New York.
Flamant, J.C. (1998). "The impact of socio-economic aspects on the development and outcome of animal recording systems." ICAR Technical Series, 1, 267-318.
Hiendleder, S., Mainz, K., Plante, Y., and Lewalski, H. (1998). "Analysis of mitochondrial DNA indicates that domestic sheep are derived from two different ancestral maternal sources: no evidence for contributions from urial and argali sheep." Journal of Heredity, 89(2), 113-120.
Jang, D.I., Lee, A.H., Shin, H.Y., Song, H.R., Park, J.H., and et al. (2021). "The role of tumor necrosis factor alpha (TNF-α) in autoimmune disease and current TNF-α inhibitors in therapeutics." International Journal of Molecular Sciences, 22(5), 2719.
Moradi, M.H., Nejati-Javaremi, A., Moradi-Shahrbabak, M., Dodds, K.G., Brauning, R. and et al. (2021). "Fine mapping of candidate regions associated with fat deposition in thin and fat tail sheep breeds suggests new insights into molecular aspects of fat tail selection."
McRae, K.M., McEwan, J.C., Dodds, K.G., and Gemmell, N.J. (2014). "Signatures of selection in sheep bred for resistance or susceptibility to gastrointestinal nematodes." BMC Genomics, 15, 1-13.
Negahdary, M., Majdi, S., Biabani, P., and Hajihosseinlo, A. (2014). "Relationship of TNF-α Gene Polymorphism with fat‐tail measurements (fat-tail dimensions) and wool weights in fat-tail Makooei breed of Iranian sheep." Journal of Biology and Today's World, 3(4), 77-82.
Orita, M., Iwahana, H., Kanazawa, H., Hayashi, K., and Sekiya, T. (1989). "Detection of polymorphisms of human DNA by gel electrophoresis as single-strand conformation polymorphisms." Proceedings of the National Academy of Sciences, 86(8), 2766-2770.
Postal, M., and Appenzeller, S. (2011). "The role of tumor necrosis factor-alpha (TNF-α) in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus." Cytokine, 56(3), 537-543.
Williams, T.L., Monday, S.R., Feng, P.C., and Musser, S.M. (2005). "Identifying new PCR targets for pathogenic bacteria using top-down LC/MS protein discovery." Journal of Biomolecular Techniques: JBT, 16(2), 134.
Zhao, F., Deng, T., Shi, L., Wang, W., Zhang, Q., and et al. (2020). "Genomic scan for selection signature reveals fat deposition in Chinese indigenous sheep with extreme tail types." Animals, 10(5), 773.